2019年底突如其來(lái)的新型冠狀病毒，讓我們?cè)俅握J(rèn)識(shí)到了廣泛分布且種類繁多的病原微生物對(duì)人類的威脅。面對(duì)一場(chǎng)突如其來(lái)的疫情，既要采用科學(xué)的手段快速發(fā)現(xiàn)并認(rèn)識(shí)病原微生物，同時(shí)也要基于科學(xué)的認(rèn)識(shí)制定可行的臨床檢測(cè)和治療方案。

2020年3月3日國(guó)家衛(wèi)生健康委員會(huì)發(fā)布了《新型冠狀病毒肺炎診療方案（第七版）》中明確增加了采取一系列預(yù)防控制和醫(yī)療救治措施，在病原學(xué)檢測(cè)方面，增加“采用RT-PCR或/和NGS方法”進(jìn)行核酸檢測(cè)來(lái)進(jìn)行診斷，華雅思創(chuàng)生物作為生物試劑行業(yè)內(nèi)的一員，愿推出高品質(zhì)、高穩(wěn)定性、高性價(jià)比的產(chǎn)品，為戰(zhàn)勝疫情貢獻(xiàn)綿薄之力。

新興的高通量基因測(cè)序技術(shù)通過(guò)直接對(duì)病毒基因組進(jìn)行全面分析，對(duì)于2019-nCoV的首先確認(rèn)、動(dòng)態(tài)分析、進(jìn)化來(lái)源以及致病機(jī)制、傳播途徑研究等具備了無(wú)可比擬的優(yōu)勢(shì)。

2 月 3 日，復(fù)旦大學(xué)張永振教授團(tuán)隊(duì)對(duì)患者支氣管肺泡灌洗液進(jìn)行了宏基因組二代測(cè)序（mNGS），鑒定出了一種新型冠狀病毒，并發(fā)現(xiàn)該病毒基因組與蝙蝠體內(nèi)發(fā)現(xiàn)的 SARS 樣冠狀病毒基因組有 89.1% 的相似性。

2 月 20 日，bioRxiv 平臺(tái)發(fā)布了華南農(nóng)業(yè)大學(xué)沈永義教授、肖立華教授團(tuán)隊(duì)通過(guò)對(duì)穿山甲樣品進(jìn)行宏基因組分析，該團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)穿山甲為新型冠狀病毒潛在中間宿主。

什么是宏基因組二代測(cè)序

所謂宏基因組二代測(cè)序，是不基于培養(yǎng)，直接從環(huán)境/臨床樣品中提取全部微生物的DNA，利用基因組學(xué)的研究策略研究環(huán)境中所包含的全部微生物的遺傳組成及其群落功能，可廣泛分析臨床樣本微生物組（細(xì)菌、真菌、病毒）的高通量測(cè)序方法。

傳統(tǒng)的檢測(cè)方法在敏感性，特異性，時(shí)效性，信息量等方面存在局限，而且對(duì)于未知或者罕見的病原微生物，無(wú)法快速識(shí)別。而mNGS從取樣，核酸提取及建庫(kù)到測(cè)序、生信分析及報(bào)告，整個(gè)過(guò)程約24小時(shí)。

目前該技術(shù)已經(jīng)納入的病原體有8000多種，其中包括3000余種細(xì)菌，4000余種病毒，200 余種真菌和140種寄生蟲，為疑難危重癥及罕見病原微生物感染的診斷提供了有效的技術(shù)手段。

宏基因組二代測(cè)序的檢測(cè)流程可以大致分為5個(gè)步驟：核酸提取、文庫(kù)構(gòu)建、上機(jī)測(cè)序、生物信息學(xué)分析與報(bào)告解讀。

基因測(cè)序是能夠動(dòng)態(tài)追蹤病毒變異的唯一方法。具體來(lái)看，對(duì)于不同的臨床樣本，核酸提取前需要進(jìn)行不同的前處理，比如痰液液化、破壁、去宿主等以提高病原體檢出率。RNA轉(zhuǎn)錄本身有更高的豐度和復(fù)雜度，又容易降解，需要在文庫(kù)構(gòu)建前進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄，生成 cDNA。文庫(kù)構(gòu)建的目的在于給未知序列的核酸片段兩端加上已知序列信息的接頭以便于測(cè)序，單樣本文庫(kù)構(gòu)建完成后需要經(jīng)歷?PCR?擴(kuò)增、再將多個(gè)文庫(kù)樣本混合后進(jìn)行測(cè)序。

新型冠狀病毒感染的肺炎診療方案中闡述的病例確診方式就包括“呼吸道標(biāo)本或血液標(biāo)本病毒基因測(cè)序，與已知的新型冠狀病毒高度同源”，相較于RT-PCR檢測(cè)，基因測(cè)序能夠動(dòng)態(tài)監(jiān)測(cè)病毒變異，在準(zhǔn)確性和通量上也具有優(yōu)勢(shì)。

考慮到病原體隨時(shí)會(huì)有變異可能以及陽(yáng)性檢出率問(wèn)題，NGS技術(shù)無(wú)疑會(huì)彌補(bǔ)這一缺陷，制備高質(zhì)量的RNA文庫(kù)至關(guān)重要。

Illumina作為測(cè)序行業(yè)的龍頭企業(yè)，所占市場(chǎng)份額達(dá)70%，2006年收購(gòu)Solexa公司，獲得新一代高通量測(cè)序技術(shù)，從而成為目前市場(chǎng)上的主流測(cè)序技術(shù)公司，Illumina測(cè)序絕對(duì)是主導(dǎo)地位的，幾乎沒(méi)有其他的公司可以撼動(dòng)它。華雅思創(chuàng)生物提供基于?Illumina平臺(tái)的高效測(cè)序試劑盒。

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