Rubicon?SMARTer?PicoPLEX?Gold Single Cell DNA-Seq?

Code No. ?????????產(chǎn)品名稱 ????????????????????????包裝量

R300669 ??SMARTer??PicoPLEX??Gold Single Cell DNA-seq Kit 24 Rxns

R300670 ??SMARTer??PicoPLEX??Gold Single Cell DNA-seq Kit 96 Rxns

R300698 ??SMARTer??PicoPLEX??Gold Single Cell DNA-Seq Kit 384 Rxns

單細(xì)胞起始的DNA測序文庫構(gòu)建

SMARTer? PicoPLEX? Gold Single Cell DNA-Seq Kit

• 高重現(xiàn)性和準(zhǔn)確性：可用于CNV、SNV和非整倍體檢測
• 在SNV和CNV檢測方面優(yōu)于MDA技術(shù)
• 三小時的工作流程，手動操作時間不到30分鐘
• 均勻的高覆蓋率，低的等位基因插入率和脫扣率

■ 應(yīng)用：

適用于以下細(xì)胞類型的文庫制備：

• 癌癥研究：循環(huán)腫瘤細(xì)胞（CTC）,激光捕獲顯微切割（LCM）細(xì)胞或DNA，

???以及細(xì)針抽吸（FNA）細(xì)胞；

• 生殖健康研究：胚胎細(xì)胞和循環(huán)胎兒細(xì)胞；
• 發(fā)育生物學(xué)：胚胎細(xì)胞，干細(xì)胞和稀有細(xì)胞；
• 宏基因組學(xué)和微生物學(xué)：微生物細(xì)胞，微生物組和環(huán)境樣品。

■ 產(chǎn)品說明：

SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit

SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit (PicoPLEX Gold) 是一種旨在從單細(xì)胞中生成高質(zhì)量的DNA文庫，以便在Illumina平臺進(jìn)行測序的試劑盒。該試劑盒基于PicoPLEX專利技術(shù)，優(yōu)化用于檢測拷貝數(shù)變異 (CNVs)、單核苷酸變異 (SNVs)、插入缺失 (indels) 和結(jié)構(gòu)變異 (SV)。PicoPLEX Gold kit在SNV檢測中表現(xiàn)出比MDA技術(shù)更好的性能。

SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit不包含index。兼容的SMARTer Index如下所述，需要單獨購買。

PicoPLEX WGA是一種在全球被廣泛用于檢測單細(xì)胞中CNV的全基因組擴(kuò)增（WGA）技術(shù)。最初，PicoPLEX技術(shù)主要用于高再現(xiàn)性的檢測非整倍體異倍性和CNV。為了滿足準(zhǔn)確檢測SNV的需求，對PicoPLEX WGA技術(shù)中的酶、引物和protocols進(jìn)行了進(jìn)一步優(yōu)化，不僅提升了擴(kuò)增的覆蓋度、一致性、準(zhǔn)確性，同時提高了CNV、SNV、Indel和其他SV的分辨率，并且保持了高重現(xiàn)性。

SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit可以固定細(xì)胞或非固定細(xì)胞起始，只需簡單的4步操作流程，即可在3小時內(nèi)完成Illumina NGS文庫的構(gòu)建，且手動操作時間非常短。

SMARTer DNA HT dual index kits

SMARTer DNA HT dual index kits是與SMARTer ThruPLEX或SMARTer PicoPLEX文庫制備試劑盒搭配使用，用以構(gòu)建Illumina測序文庫的index引物試劑盒。這些試劑盒包含Illumina Nextera? XT v2 index序列對應(yīng)的index引物，最多可提供384種不同的雙端index，用于樣本混合測序時的區(qū)分。其中index引物預(yù)先分裝在4個的不同條形碼標(biāo)記的index微孔板中，每個微孔板可提供不同的96種index組合 (Code No.R400660-R400663)，index微孔板（96N Sets A-D）的每個孔提供的量足夠進(jìn)行一次測序反應(yīng)；另一種是一套中有24個單獨的反應(yīng)管，每個反應(yīng)管中包含不同的雙端index組合（Code No.R400664），且每個反應(yīng)管（24N）提供的量足夠進(jìn)行兩次測序反應(yīng)。

SMARTer DNA unique dual index kits

SMARTer DNA unique dual index kits是與SMARTer ThruPLEX或SMARTer PicoPLEX文庫制備試劑盒搭配使用，用以構(gòu)建Illumina測序文庫的index引物試劑盒。這些試劑盒包含“IDT for Illumina UD”對應(yīng)的index引物，最多可提供96種不同雙端index，用于樣本混合測序時的區(qū)分。index引物預(yù)先分裝在不同的4組各24個單獨的管中，其中每組可提供24種不同index引物組合（Code No.R400665-R400668）。每個index引物管（24U Sets A-D）提供的量足夠進(jìn)行兩次測序反應(yīng)。

SMARTer DNA single index kits

SMARTer DNA single index kits是與SMARTer ThruPLEX或SMARTer PicoPLEX文庫制備試劑盒搭配使用，用以構(gòu)建Illumina測序文庫的index引物試劑盒。這些試劑盒包含與“TruSeq LT set A”序列對應(yīng)的index引物，可提供24種單端index，用于樣本混合測序時的區(qū)分。index引物預(yù)先分裝在不同的2組各12個單獨的管中，其中每組可提供12種不同index引物組合（Code No.R400695和R400697）。每個index引物管（12U Sets A-B）提供的量足夠進(jìn)行8次測序反應(yīng)。

圖1. SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit技術(shù)。
PicoPLEX Gold的技術(shù)概要。通過step1裂解細(xì)胞獲得gDNA，通過隨機(jī)引物進(jìn)行預(yù)擴(kuò)增 (step 2)，然后進(jìn)行指數(shù)擴(kuò)增得到測序文庫（step 4）。

圖2. PicoPLEX Gold的主要特點：高覆蓋度，高均勻性，和高重現(xiàn)性 (與A產(chǎn)品技術(shù)相比)。
Panel A. 圖中顯示在不同深度的測序中覆蓋的堿基數(shù) (～35M read pairs，PE 2 × 150 bp) 。PicoPLEX Gold在較低深度的覆蓋度與A產(chǎn)品 (MDA) 相似，在較高深度的覆蓋度高于A產(chǎn)品（MDA）。
Panel B. 以gDNA樣本 (NA12878) 和單細(xì)胞樣本 (GM12878) 起始，使用PicoPLEX Gold和A產(chǎn)品進(jìn)行全基因組擴(kuò)增。相比較于MDA，PicoPLEX Gold顯示出更均勻的覆蓋度。
Panel C. 評估覆蓋度的重現(xiàn)性。與A產(chǎn)品 (右) 相比，PicoPLEX Gold (左) 的在兩個單細(xì)胞群之間的一致性明顯更好。

?圖3. 使用PicoPLEX Gold進(jìn)行高質(zhì)量單核苷酸變異（SNV）檢測。
Panel A. 以單細(xì)胞（1c），5個細(xì)胞（5c）或15 pg的 NA12878 gDNA起始，比較A產(chǎn)品（MDA），PicoPLEX Gold（PP Gold）和SMARTer PicoPLEX WGA（PP WGA）這3個試劑盒之間的SNV檢測率。其中1個和5個細(xì)胞的測序深度為35M read pairs， gDNA樣品深度為40M read pairs。PicoPLEX Gold（藍(lán)色）有高的保真度和覆蓋度，與A產(chǎn)品（灰色）和PicoPLEX WGA（紫色）相比，可以高質(zhì)量的檢測更多的SNV（2-9倍），具有明顯的優(yōu)勢。
Panel B. PicoPLEX Gold（藍(lán)色）的B等位基因頻率的對稱分布，以0.5為中心，展示兩個等位基因的平衡情況。與A產(chǎn)品（MDA）相比，PicoPLEX具有更好的等位基因平衡（灰色）。
Panel C. PicoPLEX Gold的無偏擴(kuò)增, 在測試的所有單細(xì)胞文庫制備的技術(shù)中，表現(xiàn)出最低的等位基因脫扣率（假陰性）。
Panel D. PicoPLEX Gold試劑盒中的聚合酶具有高保真度（藍(lán)色），使得等位基因插入率與A產(chǎn)品（灰色）相當(dāng)，且顯著低于PicoPLEX WGA（紫色）。